По приказу Рыкова, Дуня вместе с двумя товарищами проникает в Улей Ксеноморфов (оба товарища будут убиты Ксеноморфами после спуска на лифте). Как только Дуня попадает в зал Артефакта, Ксеноморфы прекращают преследование. После установки «worm device» (устройство проникновения в технологию Пилотов), в результате чего база пилотов начинает рушиться, а Артефакт отключается. Дуня забирает артефакт, ее преследует игрок-Хищник. Дуня доставляет артефакт в Капсулу 5, но оттуда его забирает игрок-Хищник. Дуня собирается покинуть Капсулу, но узнает что Дмитрий пытается закрыть дыру, которая позволила ксеноморфам проникнуть в Капсулу. Дожидаясь Дмитрия, Дуня вместе с ним покидает Капсулу, а Рыков вызрывает ее основание.
Сюжет Чужого
Игрок-facehugger обнаруживает себя в недрах базы в момент прекращения работы и падения Артефакта, когда Ксеноморфы начинают штурм. Пробираясь по базе, игрок наблюдает сражения Ксеноморфов с Хищниками, избегая прямого столкновения с ними. После всего он находит одинокого игрока-Хищника, активирующего Stasis (русск. Застой). В момент активации facehugger подкрадывается сзади и заражает Хищника.
Chestburster’ом игрок становится вместе со смертью игрока-Хищника (в момент трансляции Хищника изнутри разрывает chestburster). Пробравшись в морг чужой насыщается, линяет и превращается в Предалиена. За это время в морг вбегает солдат, преследуемый Ксеноморфами. Пробираясь по вентелляционным системам, чужой ищет Артефакт. Как только чужой находит Артефакт в нескольких метрах от себя за непробиваемым стеклом, сирены извещают о том, что Капсула 5 начинает рушиться. Чужой покидает Капсулу 5. Артефакт так никто и не забирает, после падения Капсулы 5 Артефакт найти не предоставляется возможным.
Сюжет Хищника
Начало действий игры за происходят за 500 лет до событий оригинальной игры. Игрок высаживается на планету, для того чтобы провести обычную Охоту. Неожиданно хищник встречает Ксеноморфов, сражающихся с преставителями местной фауны. Следуя за чужими, Хищник пробирается вглубь Улья Ксеноморфов, основанного на базе Пилотов. Внутри базы игрок находит Артефакт, после активации которого все ксеноморфы в зале с Артефактом погибают. Артефакт используется для защиты новой базы Хищников. Ксеноморфы штурмуют базу, хищник активирует Стазис, но в последний момент его заражет facehugger. Последующие события просиходят незадолго до инцидента. Артефакт забирает Дуня, Хищник преследует ее. Позже игрок забирает артефакт, проникает в коммуникационный центр, но при передаче сигнала на другие корабли Хищников, его убивает игрок-чужой, вырываясь наружу в роли chestburster’a. Мертвого хищника обнаруживает морпех, сообщив что нашел необычное сущетсво и артефакт. Сразу после этого ксеноморф вылезает из вентилляционной системы и убивает соладата.
